Die Organisation eines Systems für Kriegsgefangenenlager nahm in den Kriegsvorbereitungen des Deutschen Reiches einen wichtigen Platz ein. Bereits 1938 wurden im Oberkommando der Wehrmacht entsprechende Ämter und Einheiten gebildet, die für Infrastruktur, Transport, Koordinierungs- und Verwaltungsarbeiten zuständig waren. In speziellen Kursen wurden Offiziere auf den Dienst in Kriegsgefangenenlagern vorbereitet sowie detailliert die organisatorischen Strukturen des Kriegsgefangenenwesens – Aufgaben, Kompetenzen und Weisungsbefugnisse – festgelegt. Obwohl das Dritte Reich im August 1934 das Genfer Abkommen zur Behandlung Kriegsgefangener vom Juli 1929 ratifiziert hatte, war man von Anfang an entschlossen, einige seiner Bestimmungen zu ignorieren. Es ging vor allem um das Arbeitskräftepotential, welches die zukünftigen Kriegsgefangenen darstellten, u.a. auch für die Rüstungsindustrie. Unter strengster Geheimhaltung wurde eine Liste potenzieller Verstöße gegen internationales Recht erarbeitet, das insbesondere untersagte, Gefangene zur Herstellung und zum Transport von Waffen und Munition aller Art heranzuziehen. Im Frühjahr 1939 waren alle organisatorischen Voraussetzungen geschaffen. Kenntnis von diesen Plänen erhielten nur die betroffenen Dienststellen selbst und die mit der Mobilmachung beauftragten Sachbearbeiter.

Die Aufsicht über die meisten Kriegsgefangenenlager im Reichsgebiet hatte das Allgemeine Wehrmachtsamt des Oberkommandos der Wehrmacht. Das Gebiet des Deutschen Reiches war in Wehrkreise eingeteilt; im Stab eines jeden Wehrkreises gab es den Posten des Kriegsgefangenenkommandeurs, dem die Lager im einschlägigen Gebiet unterstanden. Die Bezeichnung des Lagers hing mit dem Wehrkreis zusammen; die römische Zahl bestimmte den Wehrkreis, in dem sich das Lager befand, ein Großbuchstabe zeigte die Reihenfolge der Einrichtung der Lager an, dann folgte die Nennung des Lagerstandortes. Außerhalb des Reichsgebiets befindliche Lager trugen Nummern in arabischen Ziffern.

Die Masse der Gefangenen in der Geschichte der Kriege bilden immer einfache Soldaten – solche der niedrigsten Dienstgrade und Unteroffiziere. Für sie wurden sog. Stalags (Kriegsgefangenen-Mannschaftsstammlager) errichtet. Zur Aufnahme von Offizieren dienten Oflags (Offizierslager). Es entstanden auch Kriegsgefangenen-Durchgangslager (sog. Dulags) sowie Frontstalags im Operationsbereich außerhalb des Reichsgebiets. Es gab auch Kriegsgefangenen-Heimkehrerlager, welche der Vorbereitung für die „Repatriierung“ von Kriegsgefangenen dienten; hier handelte es sich um schwer kranke Kriegsgefangene oder solche, die aus anderen Gründen entlassen werden sollten, z.B. beim Austausch von Gefangenen.

Die Luftwaffe besaß ihre eigene Kriegsgefangenenorganisation, sogenannte StalagsLuft, die dem jeweiligen Luftgaukommando unterstanden. Die Kriegsgefangenenlager der Kriegsmarine (Marlags) unterstanden zwar dem Allgemeinen Marinehauptamt, waren allerdings meist Teillager größerer Heeres-Kriegsgefangenenlager und in keine eigene Kriegsgefangenenorganisation eingebunden.
Gefangenenlager wurden meist in Garnisonsstädten oder im Umfeld von Truppenübungsplätzen errichtet. Die Nähe militärischer Einrichtungen war hier von grundlegender Bedeutung.