Organizacja systemu obozów jenieckich zajmowała ważne miejsce w przygotowaniach Rzeszy Niemieckiej do wojny. Już w 1938 r. tworzono urzędy i placówki odpowiedzialne za infrastrukturę, transport, prace koordynacyjne i administracyjne. Szkolono na specjalnych kursach oficerów do zarządzania obozami i przygotowywano przepisy dotyczące zadań, stosunków podległości służbowej i kompetencji. Mimo że Rzesza Niemiecka w sierpniu 1934 r. ratyfikowała konwencję genewską z lipca 1929 r. dotyczącą traktowania jeńców wojennych z góry zakładano, że niektóre jej postanowienia nie będą respektowane.

Chodziło o zdobycie siły roboczej, jaką przedstawiali przyszli jeńcy, także dla przemysłu zbrojeniowego. Opracowano nawet w wielkiej dyskrecji – aby powstrzymać przeciwnika przed podobnymi praktykami – listę ewentualnych naruszeń prawa międzynarodowego, które w szczególności zakazywało wykorzystywać jeńców do produkcji i transportu broni oraz amunicji wszelkiego rodzaju. Na wiosnę 1939 r. wszystkie sprawy organizacyjne związane z funkcjonowaniem obozów jenieckich zostały szczegółowo ustalone. Wiedziały o nich jedynie odnośne jednostki służbowe i osoby odpowiedzialne za mobilizację.

Nadzór nad większością obozów jenieckich na terenie Rzeszy sprawował Urząd do Spraw Jeńców Wojennych, działający w ramach Naczelnego Dowództwa Wehrmachtu. Rzesza Niemiecka była podzielona na Okręgi Wojskowe, w dowództwie każdego Okręgu znajdowało się stanowisko dowódcy do spraw jeńców wojennych, któremu podlegały obozy jenieckie na danym obszarze. Oznaczenie obozów wiązało się z Okręgami Wojskowymi: liczba rzymska określała Okręg Wojskowy, na którego obszarze znajdował się dany obóz, duża litera po niej – kolejność jego utworzenia, następnie podawano miejsce lokalizacji.

Obozy jenieckie istniejące poza obszarem Rzeszy były oznaczane liczbami arabskimi.
Największa liczba jeńców w historii wojen to zwykli żołnierze – szeregowcy i niższe szarże. Dla nich Niemcy tworzyli tzw. stalagi (Kriegsgefangenen-Mannschaftsstammlager, w skrócie Stalag), dla oficerów powstawały oflagi (Offizierslager, Oflag). Organizowano również dulagi, czyli obozy przejściowe (Kriegsgefangenen-Durchgangslager). Istniały też stalagi frontowe tworzone na terenach operacyjnych poza obszarem Rzeszy, a także obozy, które służyły przygotowaniu jeńców do „repatriacji” (Kriegsgefanegenen-Heimkehrlager, Heimlag); przeważnie byli to jeńcy ciężko chorzy, zwalniani z innych względów lub podlegający wymianie.

Luftwaffe dysponowała własną organizacją obozów jenieckich, które podlegały jej lokalnym komendanturom; były to StalagLuft. Również marynarka wojenna (Kriegsmarine) utrzymywała własne obozy (Marlag), były one jednakże podobozami jenieckimi Wehrmachtu i nie miały własnej organizacji. Obozy jenieckie organizowano przeważnie w miastach garnizonowych lub w pobliżu poligonów, obecność wojska miała tu zasadnicze znaczenie.